豐田 CHR 存在一些缺點。

價格方面，作為小型 SUV，其廠商指導價在 14.18 - 19.08 萬元之間，入門級車型落地價接近 16 萬元，相比同級別車型如本田 XR-V、大眾途鎧等，價格不具性價比優勢。

空間上，整體造型類似兩廂車，車身尺寸為 4390*1795*1565mm，軸距 2640mm，車內空間有限，后排車窗小，后備箱空間表現不佳，乘坐會感到壓抑。

隔音方面，慢速行駛靜音性還行，但車速增加時，風噪、車噪和發動機吼叫聲都較大。

車機系統也是被詬病的問題，設計老舊，操作界面不友好。

另外，車輛缺乏技術配置，不提供蘋果 carplay 和安卓多媒體系統。

操控上，車身穩定性一般，底盤支撐性差，剎車腳感硬。

配置不太合理全面，比如沒有倒車雷達。

后排空間緊湊，三個成年人乘坐壓抑，車窗小，坐久不舒服。

內飾有異味。

方向盤是塑料材質，手感一般且較重。

跑高速時偶有胎噪或風噪。

車漆較薄，易刮花。

座椅不是全皮，不好打理，后排空間一般，坐三人擁擠，有顛簸感。