電子油門加速器存在一些缺點，可能容易引發車輛電路故障。

這是因為它由電子元件控制，相比傳統機械油門，更容易受到電路故障、傳感器故障的影響，一旦故障會導致加速失控或無法正常加速。

駕駛操作感覺也不如傳統機械油門靈敏，有延遲響應或不夠直接，影響駕駛體驗和操作準確性。

而且，其對維護和維修要求更高，涉及電子元件和傳感器，故障后需專業技術人員維修，成本也較高。

此外，加裝電子油門加速器還會增加油耗，因為它讓駕駛風格更激烈。

對于手動擋車，加裝后車輛操作難度加大，不利于精準控制，油擋配合困難，容易出現燃油不出去或車輛卡頓。手動擋車型起步或換擋時，匹配機油更難，可能導致車輛故障。

總之，電子油門加速器雖能一定程度改善油門響應，但也存在諸多問題，在考慮加裝時要謹慎。