在深圳，闖紅燈扣分存在特殊情況不扣。

首先，深圳有闖紅燈首單免罰的政策。但要享受該政策需滿足多項條件：一是 2015 年 1 月 1 日后在深圳處罰的道路交通違法行為，外地違法行為不能辦理，僅限深圳轄區內；二是車輛要在深圳市注冊，其他地區車輛在深圳違法無免罰規定，外地車輛變更到深圳需滿 24 個月；三是違法行為罰款在 500 元（含）以下且未造成交通事故；四是違法行為前 24 個月在深圳無違法行為處罰記錄。滿足這些條件，闖紅燈行為可免除處罰。

過線及時停車，車輛車頭過線但后輪沒過線不扣分；禮讓特殊車輛導致闖紅燈不扣分；跟在大車后誤闖紅燈不扣分；信號燈和交警手勢沖突闖紅燈不扣分。

申請首違免罰流程如下：準備好深圳市的機動車行駛證及復印件、機動車所有人的身份證及復印件；到交警部門現場申請“首違免罰”，填寫《“首違免罰”申請表》；收到交警部門發來可申請“首違免罰”的信息后，在微信上搜索“深圳交警”公眾號，進入界面點擊“明星用戶”，登錄用戶，選擇符合免罰條件的交通違法行為處罰即可辦理。

另外，深圳市登記的非運營載客小汽車，開車人和本汽車在過去兩年之內沒有任何違章行為的，也可在微信深圳交警公眾號上，本人申請，上傳駕駛證、身份證、行駛證等資料，提交審核通過后免罰。