發動機進水對車輛會產生一系列長期影響。

首先，會損壞電子控制系統，雨水混合后的腐蝕性強，影響電器功能，可能造成計算機 ECU 內部 IC 電路板短路、插頭端子銹蝕、電路接觸不良甚至短路燒毀。

其次，水進入燃燒室與汽油混合成泥漿，導致發動機抖動、熄火、無法啟動，還會腐蝕氣缸、活塞等零部件，影響發動機性能，縮短發動機壽命，增加維修保養頻次。

再者，進水會導致潤滑系統失效，加劇發動機磨損，出現拉缸現象。

判斷發動機是否進水，可查看機油是否乳化，若乳化則表明進水。還可檢查氣缸壁表面是否有積碳，若有不規則痕跡，可能進水。檢查各管道，包括空濾及空濾下殼體、進氣管及進氣歧管有無明顯進水痕跡。拆下火花塞，查看是否潮濕，正常工作時各缸活塞到達上止點的位置相同，進水會導致上止點位置下移。

若發動機只是從空氣濾清器中進了少量水汽，簡單處理，清理水汽即可。進水較多但不影響駕駛，聲音大，可能是機油、汽油中有少量水，需更換機油并清理相關配件。進水多但未啟動，發動機未損壞，排干水、清理內部、重裝并更換機油，不過電路系統可能不安全。若進水多且啟動后無法行駛，氣缸、連桿、活塞等已變形，發動機可能報廢，需更換新發動機或報廢汽車。

發動機進水后，應盡快將車拖至專業維修站點，全面清洗發動機、油箱、油路等部位，并更換機油和濾芯等零部件。