手動變速箱和自動變速箱在結構上存在明顯差異。

手動變速箱由行星齒輪機構、離合器、制動器和單向離合器等執行元件組成。其工作時，必須用手撥動變速桿來改變變速器內的齒輪嚙合位置，從而改變傳動比，實現變速目的。

而自動變速箱結構多樣，常見的有采用由泵輪、渦輪和導輪組成的液力變矩器，如 AT 變速箱，還有雙離合變速箱等。以液力變矩器為例，發動機啟動后，曲軸帶動泵輪旋轉，產生離心力使工作液甩出，從而帶動渦輪旋轉實現動力傳輸。

自動變速箱能根據汽車車速和發動機轉速自動換擋。在組成部分上，自動變速箱的液力變矩器靠變速器油傳動，可能存在一定動力損失，優秀的 AT 變速箱通過單向離合器等設計可降低損失。而 CVT 變速箱通過兩組角度可變的錐形輪和鋼帶實現無級變速，但存在磨損和拖滯感等問題。

總之，手動變速箱結構相對簡單直接，傳動效率高；自動變速箱結構復雜，能自動換擋，操作更便捷。