手動變速器故障的原因主要有以下幾種：

1. 變速器無法入檔：可能是變速箱內部機器故障，比如排擋桿內部的齒輪磨損、離合器片和離合器片壓盤壞掉等；也可能是離合器沒有踩盡就掛擋或者根本沒踩離合，以及換擋操縱結構損壞變形。

2. 變速器亂檔：原因包括變速器換檔操縱機構安裝錯誤或調整不對，變速桿下端弧形工作面磨損過大，變速桿球頭定位銷折斷或球頭、球孔磨損過多，還可能是變速箱互鎖裝置失效。

3. 換檔困難：可能是換檔操縱機構磨損或調整不當，變速器內檔位同步器損壞，換檔機構輕微變形，檔位拉線發卡等。

4. 換檔打齒：基本是離合器分離不徹底導致。

5. 變速器選檔桿不在中間位置：一般是換檔操縱機構松動。

6. 變速器漏油：原因有油封老化損壞漏油，變速器油添加過多，殼體破裂，安裝不到位等。

7. 變速器異響：通常是變速器內部損壞。

8. 變速器抖動：可能是變速器機腳損壞，變速器螺絲安裝不到位，變速器輸入軸軸承套磨損過大，輸入軸變形。

要解決這些故障，需要根據具體情況進行判斷和處理。比如對于無法入檔的情況，要先判斷是原地還是行駛中無法掛擋，再針對性檢修；亂檔時要檢查操縱機構和變速桿的狀況；換檔困難要判斷是操縱機構還是變速器的問題；打齒就調整離合器；選檔桿不在中間位置就調整或更換操縱機構；漏油要找到具體漏油原因；異響就拆檢變速器；抖動要先檢查機腳和安裝，再考慮變速器本身故障。