馬自達 6 阿特茲的安全配置相當豐富。

主動安全方面，配備了 i-ACTIVSENSE 智能安全輔助系統，包含前大燈智能輔助照明系統、倒車預警系統、盲點監測系統、緊急剎車警示系統、低速剎車輔助系統、動態穩定控制系統、牽引力控制系統等。還新增 360°全景監控系統、TPMS 智能胎壓監測、AEB 夜間行人監測系統。馬自達獨有的 GVC Plus 加速度矢量控制系統能提升操控性能，抑制車輛在出彎時車尾的不穩定，增強安全性和舒適性。

被動安全方面，車身超過 60%的部位采用超強度鋼材，前后保險杠使用 1800MPa 超高強度鋼。全新車身架構設計和制造工藝使車身整體剛性提升 30%以上，如三叉式結構設計、M 型整體沖壓車門、十字截面沖撞盒、M 型車門防撞梁、底部通道加固件和多路徑撞擊傳導結構設計等，能高效分散沖擊力，將駕乘者傷害降到最低。

此外，新款阿特茲全系標配全車雷達、定速巡航、發動機啟停、自動駐車、LED 大燈、全車窗一鍵升降、多層隔音玻璃、胎壓監測、安全側氣簾、后視鏡電動調節折疊、8 英寸中控屏等。頂配車型還有 L2 級別自動駕駛，包括自適應巡航、全景影像、車道保持、自動轉向大燈、方向盤加熱、前排座椅通風加熱、后座加熱等功能。

阿特茲的前保險杠內部采用三根 2.5 毫米厚度的防撞鋼梁和吸能塊，側面車門采用兩根 2.5 毫米厚度的 M 形狀防撞鋼梁，后保險杠采用強度為 1800MPA 的 5 毫米厚防撞鋼梁。在各種國內外碰撞測試中，馬自達阿特茲拿“好評”到手軟。