補車輛登記證書在 4S 店和車管所辦理價格不一樣。在車管所辦理，通常只收取 10 - 15 元的工本費，若選擇郵寄則需另加快遞費 10 - 20 元左右。而 4S 店并非辦理車輛登記證書補辦的法定機構，若通過 4S 店辦理，可能涉及代理服務，除 10 - 15 元工本費外，會額外收取幾十元不等的服務費，費用構成相對復雜。所以兩者辦理價格存在差異。

在車管所辦理，收費較為透明簡單。全國統一規定的工本費，主要用于補償登記證書的制作成本。車主親自前往車管所現場辦理時，按照規定，僅收取10 - 15元的工本費。倘若車主因不便自取，選擇了快遞郵寄服務，那就需要額外支付10至20元左右的快遞費。整個費用清晰明了，不存在過多的隱藏費用。

然而，4S店情況則有所不同。4S店本身沒有直接辦理車輛登記證書補辦的權限，若車主選擇通過4S店辦理，實際上是借助4S店提供的代理服務。4S店會根據自身運營成本、所在地區差異等多種因素，收取一定的服務費。這服務費一般在幾十元不等，再加上原本10 - 15元的工本費，整體費用自然就比在車管所辦理要高。

此外，在一些地區，由于當地政策和實際操作流程，還可能產生檔案查詢、復印等費用，以及諸如印花稅等稅務相關費用，這些費用總計可能在20元至30元左右。若遇到特殊的加急辦理情況，費用更是會進一步增加。

綜上所述，無論是從基礎的工本費、可能產生的快遞費，還是復雜的代理服務費以及其他額外費用來看，在4S店和車管所辦理車輛登記證書補辦業務，價格存在明顯的差異。車主在選擇辦理渠道時，應綜合考慮自身需求和成本，做出合適的決定。