手動擋寶馬 3 系的維修保養成本不一定比自動擋高，這受多種因素影響。維修保養成本涵蓋保養項目、零部件價格、維修地點等方面。手動擋與自動擋在保養項目上各有不同，比如手動擋可能離合器等部件保養有差異，自動擋則在變速箱保養更復雜；零部件價格因具體配件而定；不同維修地點收費也有高低。所以不能簡單判定手動擋寶馬 3 系維修保養成本就比自動擋高 。

在具體的保養項目費用方面，手動擋寶馬 3 系每次機油保養大約 1000 元，使用的是 BMW 專用嘉實多機油。空氣濾清器保養約 340 元，汽油濾清器約 1017 元，空調濾清器約 313 元 。火花塞一套約 1397 元，雨刮片約 452 元，剎車油約 248 元。這些費用是常規保養中的一部分，不同的保養周期會涉及不同項目的更換。

每行駛 20000 公里，還需更換空氣濾芯、空調濾芯、燃油濾芯以及剎車油等。在 4S 店進行完整保養約 1500 元，一般維修店約 1100 元，如果車主自己動手，選用 GT 油和 Man 牌三濾，成本約 1000 元。不過，自動擋車型由于其變速箱結構更為復雜，在變速箱保養上往往花費更多。例如，自動變速箱油的更換周期和費用，通常要比手動擋車型的相關保養項目更昂貴。

此外，維修成本上，寶馬 3 系無論是手動擋還是自動擋，發動機維修平均每次 2000 - 3000 元，輪胎更換一次約 2000 元。但自動擋車型若變速箱出現故障，維修費用可能會遠超手動擋車型。

綜上所述，手動擋寶馬 3 系的維修保養成本不能一概而論地說比自動擋高。二者在不同的保養和維修項目上各有高低，具體成本要綜合考慮保養項目、零部件價格、維修地點等多方面因素 ，消費者需根據自身實際情況做好預算和保養規劃 。