寶馬三系加長版后期保養費用相比普通版并沒有一個確切固定的高出金額，二者因多種因素在保養費用上存在波動。保養費用會受到車型、里程數、保養項目等影響，小保養費用一般在 700 到 1000 元左右，大保養則可能達到 2000 到 3000 多元。不同的行駛狀況和保養周期安排，都會使二者的保養費用差值有所不同，無法簡單給出一個具體的差價數值。

從保養項目來看，寶馬3系無論是加長版還是普通版，每10000公里的小保養都需更換機油和機油濾清器，費用約855元 ；每20000公里要更換空氣濾清器，約300元；火花塞一般每20000公里更換一次，約2000元。但由于加長版車身更大、零部件更多，某些部件的磨損可能相對快一些，例如剎車系統。剎車系統維護時，剎車片和剎車盤更換每次費用約3000元，這方面可能會導致加長版在長期使用中保養費用有所增加。

從保養周期上分析，寶馬3系保養周期通常默認是1萬到1.2萬公里保養一次。若以每年行駛20000公里計算，普通版和加長版一年至少都需要進行一次保養。然而，因為加長版的自身特性，在長期使用中，可能會因為車身重量分布等因素，使得一些部件需要更頻繁地維護。像30000公里或兩年一次的大保養，約4000元，此時加長版可能因為更多的檢查和零部件更換需求，費用或許會更高。

綜上所述，寶馬三系加長版和普通版在保養費用上確實存在差異。雖然無法精準算出加長版比普通版高出的具體金額，但綜合多方面因素，在同樣的使用周期和里程數下，加長版因自身結構和重量等因素，在保養上可能會有更多的項目和更高的頻率，從而導致其保養費用會相對普通版高一些。