柴油發動機和汽油發動機的燃油噴射系統在多方面存在不同。首先，噴射方式有別，汽油機（除直噴發動機）通常先將汽油與空氣混合后再送入氣缸，而柴油機是直接把柴油噴入充滿壓縮空氣的氣缸。其次，點火方式不同，汽油機靠火花塞點燃混合氣，柴油機則依靠壓縮空氣使柴油自燃。此外，柴油發動機需高壓噴射來滿足燃燒需求，而汽油機低壓噴射往往就能滿足 。

從燃油的特性來看，汽油易揮發，這使得它與空氣能夠在相對較低的壓力下均勻混合。所以，汽油機無論是進氣道噴射還是缸內直噴，低壓噴射就足以滿足要求，并且燃料噴射和燃燒可分開控制。而柴油不易揮發，與空氣混合的時間又短。若采用低壓噴射，柴油與空氣很難混合均勻，會產生大量顆粒物。因此，柴油發動機需要依靠高壓噴射來解決這一問題。

以常見的上汽π柴油發動機為例，它采用2000bar高壓共軌燃油噴射系統。高壓噴射雖然造價高，還會增加發動機附件消耗，但好處也不少。一方面能降低顆粒物排放，提高燃油經濟性；另一方面還可實現多次噴射，降低氮氧化物排放和噪聲。不過，高壓噴射也會產生更多氮氧化物排放。對于缸內直噴汽油機，提高噴射壓力對減少顆粒物排放有益，只是汽油潤滑性差，這一特性阻礙了其噴射壓力的進一步提高。

柴油發動機和汽油發動機的燃油噴射系統在噴射方式、點火方式以及所需噴射壓力等方面都有明顯差異。這些差異源于它們所使用燃油的不同特性，以及各自獨特的燃燒原理。正是這些不同，使得柴油發動機和汽油發動機在動力輸出、燃油經濟性、排放等方面呈現出不同的特點，滿足了用戶多樣化的需求 。