發動機故障燈有時亮有時滅的維修費用因具體故障原因而有所不同，少則幾十元，多則可能上萬元。若是假故障，到 4S 店或維修店用故障診斷儀清除故障代碼，費用大概 50 到 100 元；混合氣燃燒不良需清理積碳、檢查零部件，費用 500 到 1000 元左右；發動機保養問題導致故障燈亮，小保養 300 到 500 元，大保養至少 1000 元；而一些復雜故障涉及更換重要部件時，費用可能會更高。

如果是假故障，比如車輛在坑洼道路行駛導致ECU出現短暫信號中斷，或是車主誤動發動機插頭等情況，使得故障燈亮起。若故障燈未自行熄滅，前往4S店或維修店，技師會使用故障診斷儀清除故障代碼，這一過程較為簡單，費用一般在50到100元左右。

混合氣燃燒狀態較差也會致使故障燈時亮時滅。像油路堵塞、火花塞故障等原因，會造成混合氣燃燒不良。維修時通常需要清理積碳，并對相關零部件進行細致檢查和必要的修理，整體費用大概在500至1000元。

要是因為發動機未進行良好保養，例如長時間不保養，或者不良駕駛習慣加重了發動機運行部件的磨損，從而使故障燈亮起。小保養主要涉及更換機油、機濾等，費用多在300至500元；而大保養涵蓋的項目更多，對發動機的養護更全面，費用至少要1000元以上。

另外，當燃油泵、點火線圈等重要部件出現問題時，維修費用往往在1000元以上。清潔或更換傳感器，費用可能在幾百元。若因添加了質量不佳的燃油，導致故障燈亮起，及時更換到正規加油站加油或許能解決問題；但要是三元催化器出現故障，更換新的加上工時費，可能高達8000元。

不同車型由于其構造和維修難度不同，維修費用也存在差異。總之，發動機故障燈有時亮有時滅的維修費用跨度較大，從幾十元到數千元甚至更高都有可能。具體費用要依據實際故障原因和維修項目來確定。