安裝電子油門加速器的缺點主要有以下幾個方面。

一是車輛操作難度變大。對于手動擋車型，加裝后油門變得靈敏，起步或換擋時，油離配合困難，易出現加油不去或車輛憋氣的情況。

二是油耗增加。由于油門靈敏，車輛行駛中油耗會或多或少地上升，不過增加幅度通常不是特別嚴重，總體還能接受。

三是駕駛不便。加裝后車輛駕駛風格更激進，自動擋車型降檔加快。在復雜路況或雨雪天氣，操作不便，存在一定安全隱患。

此外，從安全角度講，它改變油門響應速度，駕駛員操作時若控制不好力度，易急加速或急減速，增加駕駛風險。

在車輛耐久性方面，過度依賴會給發動機和傳動系統帶來額外負擔，急加速導致零部件磨損加劇，縮短使用壽命。

對于駕駛體驗，雖能帶來瞬間加速快感，但動力輸出突兀，打破原有動力平衡，駕駛舒適性下降。在擁堵路況，過快的油門響應使車輛難以平穩行駛，增加駕駛疲勞感。