如果懷疑車輛被套牌，可以去以下部門查詢：

1. 交警隊行政復議科室：向其說明情況并提供證據。

2. 當地車管所或交通管理部門：查詢車輛是否存在套牌行為，管理當地機動車和車牌信息。

3. 公安機關交通警察部門：調查套牌違法行為，可能采取法律行動。

懷疑車輛被套牌后，應這樣做：

1. 搜集證據：包括車輛外觀照片、停車小票、高速收費小票、行車記錄儀、停車場和小區的監控錄像等。

2. 向交管部門提交申訴：可以選擇車輛登記所在地的交管部門申訴，也可以去違章所在地申訴。

3. 申請更換車輛牌號：申訴成功后，交管部門會開具車輛被套牌說明，然后到車管所申請更換牌號。

4. 及時報警：撥打110報警電話，反映車輛被套牌情況，警方會采取相應調查措施。

5. 前往交通隊核實違章信息：查看違法拍照照片等，確認是否被套牌并尋求幫助。

法律依據：《中華人民共和國道路安全交通法》第九十六條規定，偽造、變造或者使用偽造、變造的機動車登記證書、號牌、行駛證、駕駛證等，由公安機關交通管理部門予以收繳、扣留機動車，處十五日以下拘留，并處二千元以上五千元以下罰款；構成犯罪的，依法追究刑事責任。使用其他車輛的機動車登記證書、號牌等，由公安機關交通管理部門予以收繳，扣留機動車，處二千元以上五千元以下罰款。當事人提供相應的合法證明或者補辦相應手續的，應當及時退還機動車。