本田公務機的安全性能非常出色。

首先，發動機裝置在主翼上方的獨特設計，能抑制高速飛行時的空氣阻力，降低興波阻力，實現更高速度和更低燃料費，同時減輕結構重量、減小座艙噪音，提高燃油經濟性和效率。

其次，自主研發的自然層流機翼和機首，通過大量分析和風洞試驗優化設計，機翼可降低約 13.5%的層流阻力，機首與紊流機頭相比可減少約 10%的阻力，提升飛行性能和安全性。

再者，通用本田 HF120 渦扇發動機，結構緊湊、燃油經濟、低排放，采用獨創的“流體動力學”計算軟件優化氣流，燃燒室結構簡單但性能高，還配有超小型的全權限數字電子控制（FADEC）系統，保證發動機運轉性能和可靠性。

此外，全復合材料的機體，如鋁制機翼和碳復合材料，不僅減輕重量提高性能，還增加外觀魅力。升級版 HondaJet ELITE II 新增地面擾流板，提升著陸操控性和穩定性。

機艙采用全新降噪技術和隔音材料，提高客艙靜謐性。還配備自動油門和緊急降落系統，進一步提高運行安全性，減輕飛行員負擔。

總之，本田公務機在多個方面的創新和優化，使其具備卓越的安全性能。