新馬自達 6 的安全配置有不少創新之處。

被動安全方面，標配 ESC 電子車身穩定系統、前氣囊加側氣簾和行李箱保護側氣囊、SKYACTIV 車身結構、上坡輔助系統和日間行車燈。

在 IIHS 的各項碰撞測試中，如正面 40%重疊可變形壁障碰撞、側面碰撞、車頂強度測試和后碰撞/頭部保護測試中都表現出色，多項指標評為優秀。在正面 25%重疊面碰撞中表現不俗。

主動安全方面，配備了 i-ACTIVSENSE 系統，集成了車道偏離預警、定速巡航、盲點監測、智能剎車輔助和智能照明系統。

此外，新款馬自達 6 時尚型增加了駕駛席和副駕駛席側安全氣囊和前排、后排側安全氣簾，還增配了前、后泊車雷達（8 探頭）。

在車燈方面，是同級別日系車型中首個搭載智能 LED 矩陣大燈的車型，新增 360°全景監控、AEB 夜間行人監測等科技配置，進一步提升了行車安全性。