馬自達 787B 的維修保養難點主要在于其獨特的轉子發動機。

轉子發動機的相鄰容腔之間只有一個徑向密封片，與缸體始終是線接觸且接觸位置不斷變化，導致密封片磨損較快，長時間使用后油封材料磨損，可能漏氣，增加油耗和污染，維修困難。

此外，轉子發動機沒有往復式發動機的高壓縮比，燃燒不充分，且馬自達曾嘗試通過單渦輪增壓和雙渦輪增壓等裝置來提高輸出馬力并減少尾氣排放，但效果仍與往復式發動機有差距。能維修轉子發動機的技師太少，這也加大了維修保養的難度。

保養方面，防凍液用量要合適，混合防凍液每年需更換，且注意不同品牌和型號不可混用。

冬季用的高要求機油，夏季必須更換。汽油要選擇高標準的，冬季車輛環境溫度低，高標準汽油燃點高、點火能力強。